В 1973 г. возникла идея организации регулярных археографических полевых исследований на историческом факультете УрГУ. Она принадлежала профессору В. Я. Кривоногову, руководившему историко-архивным отделением исторического факультета, и проректору по учебной работе УрГУ Б. А. Сутырину. Непосредственной реализацией этой идеи занялся старший преподаватель кафедры истории СССР досоветского периода Р. Г. Пихоя.

Летом 1974 г. состоялась первая экспедиция. С момента ее организации до 1982 г. руководителем экспедиции был Р. Г. Пихоя. С 1983 до конца 1990-х гг. полевые работы возглавлял В. И. Байдин, на рубеже 1990–2000-х гг. – И. В. Починская. Участниками первых экспедиций были студенты и молодые сотрудники кафедры О. А. Лысова (Мельчакова), Н. П. Парфентьев, Н. А. Литвинова (Мудрова), В. И. Байдин, А. Г. Мосин, Л. А. Бруцкая, А. Т. Шашков, А. А. Гриненко, Е. П. Пирогова, Л. А. Дашкевич и др.

В 1975 г. по инициативе Р. Г. Пихои была создана Лаборатория археографических исследований как учебно-научная структура в рамках кафедры истории СССР досоветского периода на общественных началах. С 1975 по 1988 гг. заведующим лаборатории был ее создатель. Далее, до своего переезда в Москву в конце 1990 г., он занимал неформальный пост научного руководителя.

Лаборатория создавалась с целью организации и проведения археографических экспедиций, изучения памятников письменности кириллической традиции. Долгие годы лаборатория не имела своего самостоятельного штата, ее коллектив состоял из сотрудников кафедры. Для обеспечения постоянного функционирования лаборатории на кафедре были созданы четыре лаборантских ставки, которые в первые годы занимали преимущественно выпускники исторического факультета, участвовавшие в экспедициях (Ю. Н. Шарапов, Н. А. Мудрова, Л. А. Дашкевич, Е. К. Саматова, А. А. Гриненко).

В 1981 г. ЛАИ как научно-учебная структура была внесена в Устав УрГУ (приказ № 19 д/у от 31.03.1981). В 1988 г. коллектив археографов получил заказ наряд Министерства образования РСФСР. Это финансирование позволило сформировать самостоятельный штат, находившийся в ведении НИЧ. Первыми штатными сотрудниками лаборатории стали И. В. Починская, И. Л. Манькова, Е. М. Главацкая, М. Г. Казанцева, Н. А. Мудрова, А. В. Полетаев, С. А. Галишев, позднее к ним присоединились П. И. Мангилев и С. А. Белобородов.

В 1988 г. согласно договора между ректоратом УрГУ и дирекцией Института истории и археологии (ИИиА) УрО АН СССР на базе ЛАИ была создана вузовско-академическая лаборатория, находившаяся в совместном управлении двух учреждений (приказ № 81 д/у от 01.08.1988 г.). ЛАИ была выведена из состава кафедры истории СССР досоветского периода. Некоторые сотрудники перешли в академическую часть ЛАИ. С этого времени до начала 1991 гг. заведующим лаборатории был А. Г. Мосин, который являлся штатным сотрудником ИИиА УрО АН.

В 1991 г. в связи с созданием Центральной научной библиотеки (ЦНБ) УрО АН СССР и переходом туда из ИИиА основных специалистов-археографов, ЛАИ стала совместной структурой УрГУ и ЦНБ. В этом году на должности заведующего А. Г. Мосина сменила Л. С. Соболева, тоже будучи сотрудником академической части лаборатории. В мае 1992 г. заведующей лаборатории стала сотрудник университетской части лаборатории И. В. Починская, которая находится на этой должности до настоящего времени. На начало 1990-х гг. сотрудниками объединенной лаборатории были И. Л. Манькова, М. Г. Казанцева, Н. А. Мудрова, А. В. Полетаев, С. А. Галишев, П. И Мангилев, С. А. Белобородов, Н. В. Ануфриева, Е. В. Полетаева, Н. А. Борисенко, О. Борисова, С. Ячевский. В 1995 г. в лабораторию пришла Ю. В. Клюкина (Боровик).

К 1998 г. реальная совместная работа двух составных частей ЛАИ была прервана. ЛАИ УрГУ продолжила свою деятельность самостоятельно. Ее новый статус был зафиксирован приказом ректора (№ 42/а д/у от 03.03.1998 г.) о создании при историческом факультете УрГУ учебно-научной Лаборатории археографических исследований. После распада вузовско-академической лаборатории в университет вернулась часть археографов, числившихся в ЦНБ УрО РАН. С 1998 г. коллектив лаборатории составляют И. В. Починская, П. И. Мангилев, С. А. Белобородов, Н. В. Ануфриева, Ю. В. Боровик, С. А. Кудрявцев. В начале 2000-х гг. к ним присоединилась лаборант Н. А. Якушина, которую в 2007 г. сменила П. В. Гольцова. К началу второго десятилетия 21 века сложился коллектив лаборатории, работающий до настоящего времени (И. В. Починская, П. И Мангилев, С. А. Белобородов, Н. В. Ануфриева, Ю. В. Боровик, А. С. Палкин, Н. С. Щербакова).

За годы работы лаборатории и организуемой ею экспедиции, в которой приняло участие в общей сложности около 300 студентов, собран уникальный фонд памятников кириллической письменности, насчитывающий около 6000 ед. хр. Это самое крупное за пределами Москвы и Санкт-Петербурга собрание книг древнерусской традиции. Они составляют ценнейшую базу научных исследований. Приказом ректора УрГУ № 302д/у от 23.07.2003 г. был окончательно определен статус фонда рукописных и старопечатных книг, собранных в ходе археографических экспедиций, проводившихся лабораторией с 1974 по 2002 г. При ЛАИ была создана структура под названием Древлехранилище (архив), которая объединила ранее формально разрозненные фонды, часть которых стояла на балансе библиотеки, а часть в лаборатории. Старшим хранителем фондов была назначена Н. В. Ануфриева, занимающая эту должность до настоящего времени.

В 2009 г. при лаборатории была создана реставрационная мастерская, оснащенная современным оборудованием. Реставраторы Н. С. Щербакова и Ю. В. Боровик прошли обучение у ведущих отечественных и зарубежных специалистов по реставрации и консервации документов на бумажной основе.

Деятельность лаборатории сформировала научную школу уральской археографии, признанную специалистами как в России, так и за рубежом. Сотрудниками лаборатории разных лет подготовлено и издано около 30 монографий, более 1000 статей, защищен ряд докторских и кандидатских диссертаций. Фонды лаборатории используются в лекционных и практических занятиях, проводимых сотрудниками, при написании курсовых и дипломных работ студентов. В лаборатории существует постоянно действующая учебная экспозиция, отражающая развитие древнерусской книжно-рукописной традиции.